webMathematica создана на основе доказавшей свою надежность технологии Java Servlet, а также полностью совместима с программой Mathematica.
В основе программ webMathematica и Mathematica лежит одно и то же ядро, но у них совершенно разный интерфейс и они нацелены на разные группы пользователей.
webMathematica предоставляет доступ через web-браузер или других web-клиентов к специальным приложениям программы Mathematica. Интерфейс webMathematica очень простой. Для того чтобы эффективно использовать программу webMathematica, не нужно много тренироваться. В большинстве случаев от пользователей не требуется знакомство с программой Mathematica.
В некотором смысле, программу Mathematica можно рассматривать как среду разработки для сайтов webMathematica. Например, с помощью программы Mathematica можно смоделировать некоторый физический процесс и эту программу затем поместить на сайт с помощью webMathematica, для того, чтобы люди могли запускать эту модель и использовать ее результаты в повседневной работе.